O primeiro passo é constatar o problema

A forma de distribuição de aplicativos no GNU/Linux está quebrada. Ninguém desenvolve para o desktop Linux não só porque sua presença de mercado é baixa. Quem dera fosse apenas isso. É que disponibilizar aplicativos para as distribuições, sem colocá-los no repositório oficial das mesmas — linkando bibliotecas dinâmicas de variadas versões (com APIs diferentes) e seguindo o regramento e burocracia de cada uma —, é difícil. Mesmo quando o desenvolvedor aceita o fardo de manter o pacote no repositório, pode nem ser possível, pois as distribuições tendem a ser hostis com software proprietário por exemplo. Disponibilizar para várias distribuições? Pior. Matriz de teste gigante. Mais: pacotes RPM/DEB precisam ser instalados como root e podem fazer o que bem entenderem com o sistema.

O bom sinal é que alguns desenvolvedores constataram que existe o problema:

Why Package Managers are not my Ideal Software Distribution Mechanism

O time do systemd está alinhavando um plano. Sinceramente eu não tenho uma opinião formada por enquanto:

Revisiting How We Put Together Linux Systems

Mas não posso deixar de tirar o chapéu para eles por terem coragem de enfrentar a questão e aguentar os ataques que certamente virão. Um sistema operacional tem que facilitar a distribuição de aplicativos, vide Mac OS X, iOS, Android, Windows, não o contrário.